瑪卡屬于獨行菜屬植物，在植物形態特征上與其他獨行菜屬植物有很多共性。獨行菜屬植物約175種，全世界有廣泛分布；為一年至多年生草本或半灌木，常具單毛、腺毛、柱狀毛；莖單一或多數，分枝。葉草質至紙質，線狀鉆形至寬橢圓形，全緣、鋸齒緣至羽狀深裂，有葉柄，或基部深心形抱莖?？偁罨ㄐ蝽斏耙干?；萼片長方形或線狀披針形，稍凹，基部不成囊狀，具白色或紅色邊緣；花瓣白色，少數帶粉紅色或微黃色，線形至匙形，比萼片短，有時退化或不存；雄蕊6個，常退化成2或4個，基部間具微小蜜腺；花柱短或不存，柱頭頭狀，有時稍二裂；子房常有2個胚珠。短角果卵形、倒卵形、圓形或橢圓形，扁平，開裂，有窄隔膜，果瓣有龍骨狀突起，或上部梢有翅。種子卵形或橢圓形，無翅或有翅；子葉背倚胚根，很少緣倚胚根。
瑪卡是一種一年生草本植物。其地下部分的塊狀根莖，長10至14厘米、直徑在最寬部分3至5厘米，周長為15厘米；形似小蘿卜，自然界發現有兩種類型的顏色，黃色和紫色，質地稠密具有一定硬度。植物的須根呈白色，長達15厘米，在各個方向上大量延伸。葉子的長度為20至23厘米，具齒痕，葉形二回羽狀分裂，長8至13厘米，寬3厘米，生長垂向地面。葉柄很結實，可達到的長度超過10厘米，二級莖形成分支，長10到16厘米。
瑪卡是獨行菜屬中唯一生有肥厚的下胚軸的物種。下胚軸與根融合，形成了一個粗糙倒梨形的塊根?，斂ǜ康男螤詈腕w積差距很大，有三角形、橢圓形或矩形?，斂ǖ南屡咻S可能呈金色或者淡黃色、紅色、紫色、藍色、黑色或者綠色，黑色是被公認的效果最好的瑪卡。與秘魯出產的黑瑪卡相比，麗江出產的黑瑪卡色澤更黑。每一株都被認為是獨特的基因品種，特別的性狀（主要指根的顏色）會根據其不同營養和治療特性而被特別的人工選培育。
顏色較深的瑪卡根，如紅色、紫色、黑色，含有較多的碘，黑色瑪卡被認為是強壯與精力的代表，口感上兼顧了甜與微苦。紅色瑪卡比較受歡迎，臨床證據上顯示紅色可以治療老鼠的前列腺肥大。
瑪卡的營養價值。意大利科學家Dini A在1994年首次系統地得出了瑪卡干根中的化學組成成份：蛋白質含量為10%以上（胡寧湖畔的瑪卡品種的蛋白質含量超過14%），59%的碳水化合物；8.5%的纖維，內含豐富的鋅、鈣、鐵、鈦、銣、鉀、鈉、銅、錳、鎂、鍶、磷、碘等礦物質，并含有維生素C、B1、B2、B6、A、E、B12、B5 ，脂肪含量不高但其中多為不飽和脂肪酸，亞油酸和亞麻酸的含量達53%以上，天然活性成份包括生物堿、芥子油苷及其分解產物異硫氰酸芐酯、甾醇、多酚類物質等。1999年，美國科學家發現了瑪卡中含有兩類新的植物活性成份，瑪卡酰胺（macamides）和瑪卡?。╩acaenes），并確定這兩種物質對平衡人體荷爾蒙分泌有顯著作用，所以瑪卡又被稱為天然荷爾蒙發動機。在瑪卡產品的針對性研究中，又發現了幾種特殊的瑪卡生物堿，隨著研究的深入，瑪卡中還會有更多的具有活性的新物質被分離和鑒定。
瑪卡的食用。瑪卡經陽光曬后可以食用，也可以制成涼拌菜，熟食更佳，它能提供大量熱能，品嘗過瑪卡的人說，食用它有滿足感，令人感到十分舒服，其味道甘美。
瑪卡的鮮根可以和肉或其他蔬菜一起炒熟食用，也可以曬乾后用水或牛奶煮熟食用，當地土著人常把鮮根加蜂蜜和水果榨汁作為一種飲料飲用?，斂ǜ缓邌挝粻I養素，對人體有滋補強身的功用，食用過的人會有體力充沛、精神旺盛不會疲勞的感覺。